ในการตรวจสอบห้องสะอาดจำเป็นจะต้องตรวจสอบดูว่าอากาศในห้องสะอาดนั้นมีการเคลื่อนที่จากจุดที่สะอาดไปสู่จุดที่สะอาดน้อยกว่าหรือไม่ ซึ่งวิธีในการตรวจสอบนั้นสามารถทำได้โดยการตรวจดูความดันต่างระหว่างห้องหรือจุด บริเวณต่างๆ ของห้องสะอาด อากาศจะเคลื่อนที่จากพื้นที่ที่มีความดันสูงไปสู่พื้นที่ที่มีความดันต่ำกว่า ดังนั้นห้องที่สะอาดกว่าควรจะต้องมีความดันมากกว่าห้องที่สะอาดน้อยกว่า
          หน่วยที่ใช้สำหรับการตรวจวัดความดันต่างคือ Pascals (Pa) นอกจากนี้บางครั้งอาจมีการใช้หน่วย inches water gauge ด้วย (12 Pa = 0.05 inches water gauge)

อุปกรณ์ที่ใช้ในการตรวจวัดความดันต่าง

1. Inclined tube manometer

2. Magnehelic pressure gauge

วิธีในการตรวจวัดความดันต่าง

          ในการตรวจวัดความดันต่างระหว่างห้อง จะต้องทำการตรวจสอบก่อนว่าปริมาณอากาศที่จ่ายเข้าสู่ห้อง (Air supply) และอากาศที่ถูกดึงออกจากห้อง (Air extract) ถูกต้องตามที่ออกแบบไว้ และตรวจสอบว่าประตูของห้องสะอาดนั้นต้องปิดสนิท สำหรับห้องสะอาดที่ต้องมีการปรับความดัน จะสามารถทำได้โดยการปรับลมที่ดึงออกจากห้อง หากต้องการเพิ่มความดันจะต้องลดปริมาณลมที่ดึงออกจากห้อง และหากต้องการลดความดันจะต้องเพิ่มปริมาณลมที่ดึงออกจากห้อง ซึ่งจะต้องทำโดยผู้ชำนาญ เนื่องจากในการปรับความดันห้องนั้นอาจมีผลกระทบต่อความดันของห้องอื่นๆ ด้วย