การตรวจสอบห้องสะอาดว่าสามารถใช้งานได้ตามที่ผู้ใช้งานต้องการนั้นจะมีต้องทำการตรวจสอบยืนยันโดยมีหลักการดังนี้

1.อากาศที่จ่ายเข้ามาในห้องสะอาดจะต้องมีปริมาณ (Quantity) ที่จะสามารถเจือจางหรือกำจัดสิ่งปนเปื้อนที่เกิดขี้นในห้อง ซึ่งสามารถตรวจสอบได้โดยการหา Air change rate (ACH or air change/hr) หรือ Air velocity (m/s) ของห้องว่าอยู่ในระดับที่ได้ออกแบบไว้หรือไม่

2. อากาศที่จ่ายเข้ามาในห้องจะต้องมีคุณภาพ (Quality) ที่จะไม่เพิ่มการปนเปื้อนให้แก่ห้อง ในการตรวจสอบจะต้องตรวจการรั่วซึมของ Final filter ที่ใช้ในการกรองอากาศเพื่อให้มั่นใจว่าอากาศที่จ่ายเข้ามาจะเป็นอากาศสะอาดเท่านั้น

3. อากาศภายในห้องสะอาดจะต้องเคลื่อนที่จากพื้นที่ที่มีความสะอาดมากสู่พื้้นที่ที่มีความสะอาดน้อย (Clean to less-Clean areas) โดยในการเคลื่่อนที่จะต้องเคลื่อนที่ในทิศทางที่ถูกต้องตามที่ได้ออกแบบไว้ เช่น ผ่านประตู ช่องระบายที่ได้กำหนดไว้ สำหรับการตรวจสอบจะสามารถทำได้โดยการดูทิศทางการไหลของอากาศ (airflow visualization) หรือความดันต่างของห้อง (air pressure different) 

4. อากาศที่เคลื่อนที่ภายในห้องสะอาดจะต้องได้รับการตรวจสอบว่าไม่มีพื้นที่หรือจุดใดในห้องที่มีปริมาณฝุ่นปนเปื้อนสูงเกินกำหนด (No areas within the room with high concentration of contamination) ในการตรวจสอบจะต้องทำการตรวจนับจำนวนอนุภาคฝุ่นที่ปนเปื้อนในอากาศภายในห้องสะอาดในแต่ละจุด